Для вас процесс оформления почти не меняется, вы просто принимаете клиента как обычно, только при оплате выбираете способ "Яндекс".
Заказу будет присвоит статус "Оплачен" автоматически, после подтверждения клиентом в приложении Навигатора.
Видео как это работает